הסקוטיש טרייר פותח בסקוטלנד כדי לצוד ולרדת למחילות של שועלים וגיריות. בימיו הראשונים הוא נקרא "אברדין טרייר", על שם האזור שבו היה נפוץ במיוחד.
את השם "סקוטיש טרייר" הוא קיבל ב־1879 מקפטן גורדון מאריי, שהוביל את פיתוח הגזע המודרני. תקן הגזע הראשון ומועדון הגזע הראשון נולדו בבריטניה בתחילת שנות ה־80 של המאה ה־19, ובארצות הברית הגזע הוכר ב־1885.